学科建设办公室（申硕工作办公室、研究生工作处）是学校负责学科建设、硕士学位授权建设、研究生教育的部门。

2011年7月，学校科技与研究生工作处分设为科技处、研究生工作处，学科建设办公室挂靠研究生工作处，李春生任科技处（研究生工作处）处长。

2013年3月，成立学科建设办公室（研究生工作处），与科学技术处合署办公，李渺任学科建设办公室主任（研究生工作处处长）。

2015年3月，学科建设办公室（研究生工作处）独立办公，同时学校成立了申硕工作领导小组，申硕工作领导小组办公室挂靠学科建设办公室，李渺任学科建设办公室主任（研究生工作处处长）、申硕办公室主任。

2017年3月，熊曾刚接任学科建设办公室主任（研究生工作处处长）。

2019年1月，学校成立学科建设办公室（研究生工作处、申硕工作办公室），江胜清任学科建设办公室主任（研究生工作处处长、申硕工作办公室主任）。

2022年3月，吕昊接任学科建设办公室主任（研究生工作处处长、申硕工作办公室主任）。